中澳小麦改良联合研究中心（China-Australia Joint Center for Wheat Improvement）成立于2013年，旨在构建中澳两国小麦育种长期合作，重点提升分子育种的效率，特别是在品质性状方面的基因发现与利用。该中心由中国农业科学院联合首都师范大学、山东农业科学院、河南农业科学院，与澳大利亚莫道克大学合作建立。

截至2025年6月，引进了175份优质高产抗病品种，6个遗传群体和25份高低分子量亚基近等基因系。克隆产量和品质性状基因10个，发现5个抗条锈病新基因。利用分子标记育成的3个品种已通过审定，育成新品系135份。发表论文57篇，获专利授权11项，培养博士后1人、博士6人、硕士8人。先后派遣30余位科研人员赴澳学习交流和访问，对提高国内小麦遗传育种研究水平和培养国际化人才发挥了重要作用。因合作成效突出，澳方主任Rudi Appels荣获2023年中国作物学会国际合作奖，马武军教授获2024年庄巧生国际合作奖。