[科技日报]中国领衔全球最大植物基因测序 水稻育种由手工筛选走向精准设计
科技日报北京4月26日电（记者瞿剑）迄今全球最大植物基因测序项目“3000份水稻基因组研究”26日结出硕果——北京时间当天凌晨1点，国际顶级学术期刊《自然》正式发表《3010份亚洲栽培稻基因组研究》；由中国主导的此项国际间科研大协作，针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨，揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构，剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传多样性。这一重大成果将推动水稻规模化基因发掘和水稻复杂性状分子改良，提升全球水稻基因组研究和分子育种水平，使水稻育种由传统的手工筛选走向基于大数据的精准设计。
该项目首席科学家、中国农科院作科所研究员黎志康表示，过去和未来的育种成果都取决于我们对种质资源遗传多样性的利用；全球一共保留了78万份水稻种质资源，弄清核心种质资源的基因组的多样性，包括所有基因的等位基因及其各种各样的变异，能够为未来的水稻品种改良建立永久的、基于水稻功能基因组信息的数据库和应用平台。
他介绍，项目经严格的分层取样法，选取源于全球89个国家的3010份水稻种质，代表了78万份中95%以上的遗传多样性。研究发现了
2900万份新的SNPs（单核苷酸多态性），相当于在水稻基因组中加进了2900万个标签，给基因育种提供了精确导向；恢复了籼稻、粳稻的命名；完成了对栽培稻最精细的种群分类：九个群体，包括4个籼稻亚群、3个粳稻亚群及Aus、Aro；发现了丰富的基因组结构变异，包括易位、倒位、重复和缺失；确定了全球首个近于完整的、高质量的农作物－亚洲栽培稻的泛基因组。
国际水稻研究所首席科学家，国际水稻基因库主任R·S·汉密尔顿博士评价说，“过去从一个性状发现到品种育成需要近40年，现在利用这些信息短短几年就可以实现”。此外，该项研究还可以使育种过程更加高效和精确，使育成品种减少对环境的影响，低投入高产出，以及适应消费者不断变化的需求。
该项研究由中国农科院作科所牵头，联合国际水稻研究所、华大基因、上海交大、深圳农业基因所、安徽农大、美国亚利桑那大学等16家机构共同完成，并得到中国科技部、农业农村部、国家自然基金委及美国盖茨基金会支持。
