分子育种可实现基因的直接选择和有效聚合，大幅度提高育种效率，缩短育种年限，在提高产量、改善品质、增强抗性等方面已显示出巨大潜力，成为现代作物育种的重要方向。建设作物分子育种国家工程实验室，构筑作物分子育种体系，必将带动我国作物育种技术的全面升级，加速作物新品种选育进程，促进种子产业的快速发展。

　　作物分子育种国家工程实验室将围绕水稻、小麦、玉米、大豆等四大粮食作物生产的重大需求，瞄准国际前沿，以培育突破性新品种为目标，以构建高效作物分子育种技术体系为主要任务，重点突破大规模基因发掘技术、实用化基因型选择技术和品种设计工程技术三大核心技术；开发重要性状基因及其实用分子标记，研发标记检测技术，构建高效的分子育种技术体系，开展种质创新，培育高产优质抗逆高效新品种；通过与上游和下游的有机衔接，搭建分子育种与种子产业之间的桥梁，构筑产学研一体化新体系；创建国家分子育种信息库，实现全国共享，大幅度增强我国作物分子育种及产业化创新能力。

　　国家工程实验室建成后5年内，建成作物分子育种技术平台。研发基因定位和标记新技术，开发2000～3000个新型分子标记，其中重要性状实用标记200～300个；突破标记检测、多基因聚合、品种设计等关键技术，建立高效分子育种技术体系，选择效率提高2～3倍，实现分子育种信息、资源与技术共享。应用分子育种技术创造优异新种质80～100份，培育15～20个有重大应用价值的新品种，推广面积达到5亿亩以上，实现作物分子育种的产业化。形成创新技术团队，培养200～300名高水平的作物分子育种人才。

　　作物分子育种国家工程实验室重点建设新基因发掘、分子标记检测、品种分子设计、分子育种等4个研究室。