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助理:李慧慧 - 中国农业科学院作物科学研究所



 


姓  名:李慧慧   性 别:女
职  称:副研究员
联系电话: 010-82106038
电子邮箱: lihuihui@caas.cn
个人网页:
创新研究组:作物数量遗传

本人简历:  
     2009年6月获北京师范大学生物数学专业博士学位;2007年9月到2008年11月美国康奈尔大学Buckler实验室访问学者,从事统计基因组学研究;2009年7月加入中国农业科学院作物科学研究所,现任作物基因与分子设计中心副主任,副研究员。
研究方向:
     利用高通量组学数据开展复杂性状重要基因定位(包括连锁分析和全基因组关联分析);海量基因型数据连锁图谱构建、全基因组关联分析、全基因组选择育种预测算法开发和模型构建等生物信息学、统计基因组学和数量遗传学相关研究。
主要贡献:
1、提出了数量性状基因定位的完备区间作图方法,研制连锁图谱构建和QTL作图集成软件,为重要育种性状的遗传研究、基因挖掘提供了有效方法和工具。
2、国际上首次提出了基于巢式关联作图群体(NAM)的多群体联合QTL连锁分析的新方法(简称:JICIM),为同时利用多个亲本开展遗传研究提供了有效方法。
3、建立了基于测序数据的小麦高通量标记整合图谱,为小麦复杂性状的遗传解析和基因组信息辅助育种提供了有效工具。
4、提出了基于Genotyping by sequencing (GBS) 技术下高通量标记的补缺失算法,为GBS数据的有效利用提供了方法。
5、研制了模拟标记辅助轮回选择的计算机软件QuMARS和模拟染色体片段置换系产生过程的计算机软件CsslSimulator,为大量育种方法的比较、育种策略的优化、以及遗传信息在育种中的有效利用提供了有效手段。
在研的科研项目:
1、国际集成育种平台项目“A REGIONAL HUB OF THE INTEGRATED BREEDING PLATFORM”,2014年7月至2016年12月,经费26万美元,折合约160万人民币。
2、国家自然科学基金面上项目“数量性状基因型到表型预测模型的理论及其在植物育种中的应用研究”(项目批准号31471174),2015年1月至2018年12月,经费86万元。
3、“十二五”农村领域国家科技计划子课题“基因发掘和分子育种数据处理分析系统建立”(项目批准号2015BAD02B01-2-2),2015年7月至2019年12月,经费43万元。
4、“十三五”七大作物国家重点研发计划项目子课题“玉米骨干亲本遗传框架图和预测模型构建”(项目批准号2016YFD0100303),2016年7月至2020年12月,经费100万元。
5、作科所“优青培育计划”,2016年1月至2018年12月,经费60万元。
获得专利:
(1)王建康,李慧慧,张鲁燕,孟磊,连锁图构建和QTL作图集成软件V4.1
(2)王建康,李慧慧,张鲁燕,孟磊,连锁图谱构建和QTL作图集成软件V4.0
(3)王建康,李慧慧,张鲁燕,孟磊,连锁图谱构建和QTL作图集成软件V3.0
(4)王建康,李慧慧,QTL IciMapping 作图软件V1.4
(5)李慧慧,王建康,染色体片段置换系群体模拟软件V1.0
主要论文和著作:<
(1)Zhangxiong Liu*, Huihui Li*, Xuhong Fan*, Wen Huang, Jiyu Yang, Candong Li, Zixiang Wen, Yinghui Li, Rongxia Guan, Yong Guo, Ruzhen Chang, Dechun Wang, Shuming Wang, Li-Juan Qiu, 2017. Phenotypic Characterization and Genetic Dissection of Nine Agronomic Traits in Tokachi nagaha and its derived cultivars in soybean (Glycine max (L.) Merr.). Plant Science 256:72-86.
(2)Huihui Li, Sukhwinder Singh, Sridhar Bhavani, Ravi P. Singh, Deepmala Sehgal, Bhoja R. Basnet, Prashant Vikram, Juan Burgueno-Ferreira, and Julio Huerta-Espino. Identification of Genomic Associations for Adult Plant Resistance in the Background of Popular South Asian Wheat Cultivar, PBW343. Front. Plant Sci., 7: 1674.
(3)Huihui Li, P. Vikram, R. P Singh, A. Kilian, J. Carling, J. Song, J. A. Burgueno, S. B., J. Huerta-Espino, T. Payne, D. Sehgal, P. Wenzl and S. Singh, 2015. A high density GBS map of bread wheat and its application for dissecting complex disease resistance traits. BMC Genomics 16:216 DOI 10.1186/s12864-015-1424-5.
(4)Huihui Li, R. P. Singh, H.-J. Braun, W. H. Pfeiffer, J. Wang, 2013. Comparison of doubled haploids with conventional breeding in CIMMYT wheat breeding programs.Crop Science 53(1): 74-83
(5)Ziqi Sun, Huihui Li#, Luyan Zhang, Jiankang Wang, 2012. Estimation of recombination frequency in biparental genetic populations.Genetics Research 94 (3): 163-177.
(6)Buckler, S. E., J. B. Holland, M. M. McMullen, S. Kresovich, C. Acharya, P. Bradbury, P. Brown, C. Browne, M. Eller, E. Ersoz, S. Flint-Garcia, A. Garcia, J. Glaubitz, M. Goodman, C. Harjes, K. Hutchins, D. Kroon, S. Larsson, N. Lepak, Huihui Li, S. Mitchell, G. Pressoir, J. Peiffer, M. O. Rosas, T. Rocheford, C. Romay, S. Romero, S. Salvo, H. Sanchez Villeda, Q. Sun, F. Tian, N. Upadyayula, D. Ware, H. Yates, J. Yu, Z. Zhang, 2009. The genetic architecture of maize flowering time. Science 325: 714-718.
(7)McMullen, M. M., S. Kresovich, H. S. Villeda, P. Bradbury, Huihui. Li, Q. Sun, S. Flint-Garcia, J. Thornsberry, C. Acharya, C. Bottoms, P. Brown, C. Browne, M. Eller, K. Guill, C. Harjes, D. Kroon, N. Lepak, S. E. Mitchell, B. Peterson, G. Pressoir, S. Romero, M. O. Rosas, S. Salvo, H. Yates, M. Hanson, E. Jones, S. Smith, J. C. Glaubitz, M. Goodman, D. Ware, J. B. Holland, E. S. Buckler, 2009. Genetic properties of the maize nested association mapping population. Science 325: 737-740.
(8)Huihui Li, S. Hearne, M. B?nziger, Zhonglai Li, Jiankang Wang, 2010. Statistical properties of QTL linkage mapping in biparental genetic populations. Heredity, 105 (3): 257-267.
(9)Huihui Li, Luyan Zhang, Jiankang Wang, 2008. Windows QTL IciMapping v2.2.Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China, 42p (available from http://www.isbreeding.net).
(10)Huihui Li, J.-M. Ribaut, Zhonglai Li, Jiankang Wang, 2008. Inclusive composite interval mapping (ICIM) for digenic epistasis of quantitative traits in biparental populations. Theor. Appl. Genet. 116 (2):243-260.
(11)Huihui Li, Guoyou Ye, Jiankang Wang, 2007. A modified algorithm for the improvement of composite interval mapping. Genetics 175 (1): 361-374.
   



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